Bác Sĩ Yoo Se Poong (Phần 2) là câu chuyện tiếp nối về cuộc phiêu lưu của Yoo Se Poong, một bác sĩ châm cứu tài năng thời Joseon. Sau một sự cố bất ngờ, Se Poong mất đi khả năng châm cứu của mình và bị trục xuất khỏi cung đình.
Se Poong rời cung và đến làng Gyesu, nơi gặp gỡ nhiều nhân vật thú vị. Một trong số đó là Seo Eun Woo, một góa phụ đến từ gia đình quyền quý. Cô không chỉ có kỹ năng quan sát nhạy bén mà còn có khả năng đồng cảm phi thường.
Tại đây, Se Poong cũng gặp Gye Ji Han, một bác sĩ lập dị của làng Sorak. Gye Ji Han là người thầy sẽ giúp Se Poong trên con đường trở thành bác sĩ tâm thần chân chính. Mặc dù tính cách có phần cục cằn và bị cho là ham vật chất, Gye Ji Han thực sự là một người chân thành.
Những mối quan hệ mới này tạo ra nhiều tình huống thú vị và thử thách cho Se Poong. Dẫu gặp nhiều khó khăn, Se Poong vẫn vững vàng trên con đường tìm lại khả năng của mình và giúp đỡ người khác.