Cuộc Hẹn Sống Còn (Phần 3) là một câu chuyện xoay quanh Itsuka Shidou, một học sinh trung học bình thường. Mọi thứ trong cuộc sống của cậu đã thay đổi khi một đợt không gian chấn giáng xuống thành phố trong ngày đầu tiên đi học trở lại sau kỳ nghỉ xuân. Trong cơn thiên tai này, Shidou gặp một cô gái cầm trọng kiếm và em gái cậu, Kotori, sau đó tiết lộ rằng cô gái đó là một sinh vật gọi là tinh linh, nguyên nhân gây ra các đợt không gian chấn.
Kotori cũng cho biết mình là một trong những lãnh đạo của tổ chức Ratatoskr, có nhiệm vụ ngăn chặn những hiểm họa tinh linh. Cô mời Shidou gia nhập tổ chức với nhiệm vụ phong ấn năng lượng của các tinh linh. Tuy nhiên, có một điều kiện tiên quyết: Shidou phải hẹn hò với các cô gái và khiến họ yêu cậu. Từ đó, Shidou bắt đầu cuộc hành trình với những cuộc hẹn sống còn, không chỉ để cứu thế giới mà còn để tìm hiểu về bản thân và những người xung quanh.
Trong hành trình của mình, Shidou sẽ phải đối mặt với nhiều thử thách và nguy hiểm. Nhưng với sự giúp đỡ của các cô gái và tổ chức Ratatoskr, cậu sẽ phải tìm cách để vượt qua và hoàn thành nhiệm vụ của mình. Liệu Shidou có thể thành công trong việc phong ấn năng lượng của các tinh linh và cứu thế giới? Câu chuyện sẽ được tiếp diễn trong Cuộc Hẹn Sống Còn (Phần 3).