Linh Mục Nhiệt Huyết (Phần 2) tiếp tục câu chuyện về sự hợp tác bất ngờ giữa ba nhân vật đến từ những lĩnh vực khác nhau. Kim Hae-Il, một linh mục Công giáo với cách nói thẳng thừng và đôi khi khá thô lỗ, thường khiến người khác phải ngạc nhiên. Koo Dae-Young, một thám tử nói nhiều nhưng khá rụt rè, thường xuyên thể hiện sự nhiệt tình trong công việc của mình. Còn Park Kyung-Sun, một công tố viên thông minh và xinh đẹp, luôn đặt mục tiêu hoàn thành tốt công việc.
Ba người này buộc phải làm việc cùng nhau khi một vụ án giết người liên quan đến một linh mục Công giáo cao cấp xảy ra. Sự kết hợp giữa tính cách và chuyên môn của họ tạo nên một đội điều tra độc đáo.
Với sự kết hợp này, họ bắt đầu điều tra và giải quyết vụ án. Sự khác biệt về tính cách và cách tiếp cận của họ đôi khi dẫn đến những tình huống hài hước nhưng cũng đầy thách thức.