Thanh Kiếm Tiềm Long xoay quanh câu chuyện về Lại Bố Y, một người có tài tinh thông mệnh lý và thần cơ diệu toán. Từ thuở trẻ, ông đã giúp nhiều người hóa giải tai ương. Một lần tình cờ, ông gặp Hồi Mộng Lão Nhân, người truyền thụ võ công tuyệt đỉnh và tặng ông thanh bảo kiếm Tiềm Long. Với thanh kiếm này, Bố Y dấn thân vào con đường cứu giúp chúng sinh.
Khi nhà Tống bị nước Kim dòm ngó, vua Tống Cao Tông Khang Vương bị quân Kim truy sát. May nhờ Bố Y ra tay cứu giúp, dùng phép thuật đưa vua qua sông bằng ngựa đất và bày trận đánh lui quân địch. Nhờ công lớn, ông được phong làm quốc sư. Tuy nhiên, người bạn thân Phó Thiên Huê lại sinh lòng đố kỵ, cấu kết với gian thần Tần Cối để hãm hại Bố Y. Tình bạn đẹp đẽ của họ biến thành mối thù không đội trời chung.
Trên hành trình chống lại kẻ xấu và cứu nhân độ thế, Bố Y gặp ba hồng nhan tri kỷ: quận chúa nhà Tống Triệu Dung, công chúa nước Kim Nguyên Nhan Phụng và tiểu thư Thanh Mai. Họ đều xinh đẹp, tài năng và hết lòng ngưỡng mộ ông. Nhưng từ lâu, Bố Y đã tự bấm quẻ, đoán rằng cả đời mình sẽ sống cô độc. Liệu ông có thể tự hóa giải số phận của chính mình không?