Tru Tiên – Thanh Vân Chí xoay quanh câu chuyện của Trương Tiểu Phàm, một cậu bé xuất thân từ Thảo Miếu thôn. Vì cứu giúp Phổ Trí thần tăng của Thiên Âm tự, toàn thôn gặp họa diệt vong. Tiểu Phàm trở thành mồ côi và cùng người bạn Lâm Kinh Vũ đầu nhập vào Thanh Vân môn.
Tại đây, Tiểu Phàm mang trong mình Phệ Huyết châu, một vật tà khí cực lớn, gây dày vò tâm trí. Cậu tình cờ bắt được thần khí luyện huyết Phệ Hồn và thầm mến cô bé Điền Linh Nhi. 5 năm sau, Tiểu Phàm tham dự đại hội tỷ võ của Thanh Vân môn, quen biết đồng môn Lục Tuyết Kỳ và Tằng Thư Thư. Cậu gây ấn tượng mạnh với tài nghệ trấn áp quần hùng.
Tuy nhiên, chưởng môn Đạo Huyền nghi ngờ thân phận thật sự của Tiểu Phàm. Tuyết Kỳ rời khỏi Thanh Vân môn để bảo vệ Tiểu Phàm, trong khi Bích Dao, thiếu nữ của Quỷ vương tông, cũng vì Tiểu Phàm mà chống lại Tru tiên kiếm. 10 năm sau, giang hồ loạn lạc, Tiểu Phàm đã trở thành Phó tông chủ Quỷ vương tông, biểu hiện lạnh lùng vô tình, với tên gọi Huyết công tử.
Bây giờ, mục tiêu duy nhất của Quỷ Lệ (Tiểu Phàm) là cứu tỉnh Bích Dao, người đã chìm trong hôn mê không tỉnh kể từ khi Tru tiên kiếm hạ. Cậu đối mặt với nhiều thử thách và phải đưa ra những quyết định khó khăn để đạt được mục tiêu của mình.