Ẩn Vàng Càn Khôn Của Niết Tiểu Sảnh xoay quanh cuộc phiêu lưu của tu sĩ Đạo giáo Yan Chixia và học giả Ning Caichen, những người đã chiến đấu với bà ngoại quỷ cây để giải cứu Nie Xiaoqian. Trong trận chiến đó, họ vô tình kích hoạt sức mạnh thần thánh của Con dấu vàng Qiankun, một vật thể quyền năng đưa họ xuyên thời gian đến hiện đại.
Tại đây, ba người gặp gỡ nữ chính Nguyên Viên và tình cờ được cô tiếp đón tại nhà. Tuy nhiên, sự xuất hiện của họ mang đến nhiều phiền toái cho Viên Viên. Song song đó, bà nội quỷ cây và quỷ rắn cũng đến thời hiện đại với tham vọng sử dụng sức mạnh của Phong ấn vàng Qiankun để biến thế giới thành thiên đường cho quỷ.
Khi Viên Viên phát hiện ra âm mưu của bà nội, cô quyết định hy sinh bản thân để ngăn chặn kế hoạch xấu xa đó. Yến Trì Hạ, người đã yêu Viên Viên, ôm lấy cô và biến mất trên bầu trời đêm. Nhiều năm sau, Yến Trì Hạ gặp một cô gái trông giống hệt như Viên Viên, đánh dấu một chương mới trong hành trình của anh.