Bí ẩn Ngôi Trường Ma xoay quanh một trường học bị ám ảnh bởi những sự kiện bí ẩn và đáng sợ. Câu chuyện bắt đầu với những cái chết của các cô gái trong trường, những sự việc đã diễn ra từ trước và để lại nhiều dấu hỏi.
Một cố vấn hướng dẫn của trường, thông qua phần lồng tiếng, kể lại câu chuyện về một cô gái đã tự tử trong nhà vệ sinh nhiều thập kỷ trước. Người này được đồn đại là hiện đã trở thành một hồn ma, ám ảnh ngôi trường và gây ra nhiều điều bất an.
Những sự việc kỳ lạ bắt đầu xảy ra với các cô gái đang gặp vấn đề, một trong số họ được tìm thấy trong tình trạng mất trí sau khi nói chuyện phiếm trong nhà vệ sinh, người khác thì bị sát hại. Trường học do các nữ tu quản lý, tuy nhiên họ lại quan tâm hơn đến hình ảnh của trường mà bỏ qua sự an toàn của các nữ sinh.
Những bí ẩn và sợ hãi đan xen tạo nên một câu chuyện kinh dị, làm sáng tỏ những điều chưa được giải thích trong ngôi trường đầy rẫy những điều kỳ lạ.