Bóng Đêm Bí Ẩn xoay quanh câu chuyện của Bae Min-tae, một cựu thành viên băng đảng đã chuyển sang làm công nhân xây dựng. Cuộc sống của anh bị đảo lộn khi em trai duy nhất, Seok-tae, được phát hiện đã chết và vợ của em trai là Moon-young mất tích không dấu vết.
Min-tae bắt đầu điều tra để tìm ra sự thật về cái chết của em trai và sự mất tích của vợ em trai. Trong quá trình điều tra, anh gặp Kang Ho-ryeong, một tiểu thuyết gia nổi tiếng. Điều kỳ lạ là Kang Ho-ryeong đã dự đoán một cách kỳ lạ về cái chết của Seok-tae trong cuốn tiểu thuyết bán chạy nhất của mình.
Cả hai quyết định hợp tác để khám phá những bí ẩn xung quanh cái chết của Seok-tae và sự mất tích của Moon-young. Tuy nhiên, họ phải đối mặt với nhiều nguy hiểm từ tổ chức tội phạm mà Min-tae từng tham gia và sự can thiệp của cảnh sát. Liệu Min-tae và Kang Ho-ryeong có thể tìm ra sự thật và đem lại công lý cho gia đình Seok-tae?