Sau sự kiện của bộ truyện Naruto, Naruto Uzumaki đã trở thành Hokage Đệ Thất, lãnh đạo làng Lá. Tuy nhiên, công việc bận rộn khiến anh ít có thời gian cho gia đình, đặc biệt là con trai mình – Boruto Uzumaki. Boruto mang trong mình tài năng vượt trội và cá tính mạnh mẽ, nhưng lại có mâu thuẫn với cha vì cho rằng Naruto không quan tâm đến gia đình.
Boruto tìm đến Sasuke Uchiha, bạn thân và đồng đội cũ của Naruto, để được huấn luyện và chứng minh bản thân. Trong khi đó, Kỳ thi Chūnin đang được tổ chức, thu hút sự quan tâm của cả làng Lá và các làng ninja khác. Boruto sử dụng thiết bị ninja công nghệ cao để gian lận, khiến mối quan hệ giữa cậu và cha ngày càng căng thẳng.
Một mối đe dọa đến từ một chiều không gian khác xuất hiện, khi Momoshiki và Kinshiki Ōtsutsuki xuất hiện với âm mưu hấp thụ chakra và phá hủy thế giới ninja. Naruto hi sinh bản thân để bảo vệ làng, và Boruto lần đầu hiểu được ý nghĩa thật sự của từ “Hokage”. Với sự hỗ trợ của Sasuke và các Kage khác, Boruto cùng họ bước vào trận chiến quyết định chống lại Momoshiki.
Sau trận chiến, Boruto trưởng thành hơn, thấu hiểu cha mình, và bắt đầu con đường trở thành một ninja thực thụ – không phải để trở thành Hokage, mà là người sẽ hỗ trợ cho Hokage. Cậu học được bài học quý giá về sự hy sinh và trách nhiệm, và sẵn sàng đối mặt với tương lai.