Cậu Bé Đặc Biệt xoay quanh câu chuyện của Ishaan, một cậu bé tám tuổi với vấn đề khiến mọi người xung quanh coi anh ta như một kẻ gây rắc rối. Hành vi của Ishaan bị đánh giá là kinh khủng và không ai để ý rằng những dấu hiệu này có thể là biểu hiện của một vấn đề sâu xa hơn.
Ishaan không biết chữ và không thể làm toán vì mắc chứng Dyslexia rất nặng. Khi bị trừng phạt và gửi đến một trường nội trú, tinh thần của cậu bé bị suy sụp. Ishaan trở nên ủ rũ, trầm cảm nghiêm trọng và gần như không giao tiếp với ai.
Mọi thứ thay đổi khi Ishaan có một giáo viên mỹ thuật mới. Người thầy này đã từng làm việc với những đứa trẻ khuyết tật và nhận ra vấn đề của Ishaan cũng như tiềm năng ẩn sâu bên trong.
Bộ phim mang đến một câu chuyện buồn nhưng có hậu, giúp người xem thấu hiểu và đồng cảm với số phận của Ishaan.