Mười năm sau cuộc xâm lược Naboo, Cộng hòa Thiên hà đang đối mặt với một phong trào ly khai. Thượng nghị sĩ Padmé Amidala, cựu Nữ hoàng, đi đến Coruscant để bỏ phiếu cho một dự án tạo ra một đội quân giúp Jedi bảo vệ Cộng hòa. Tuy nhiên, cô trở thành mục tiêu của một nỗ lực ám sát.
Cô được bảo vệ bởi Obi-Wan Kenobi và Padawan Anakin Skywalker. Họ đuổi theo kẻ ám sát hình dạng thay đổi Zam Wessell, nhưng trước khi tiết lộ thông tin quan trọng, cô bị giết bởi một phi tiêu bị nhiễm độc. Hội đồng Jedi yêu cầu Obi-Wan điều tra và bảo vệ Padmé. Obi-Wan phát hiện ra phi tiêu đến từ hành tinh Kamino và tìm thấy một đội quân clone được sản xuất ở đó.
Trong khi đó, Anakin và Padmé dần cảm mến nhau. Anakin có những giấc mơ kinh hoàng về mẹ mình và cùng Padmé trở về hành tinh quê hương Tatooine. Tại đó, anh phát hiện ra mẹ đã bị bắt cóc và sau đó tìm thấy bà đã qua đời. Với sự giận dữ và đau đớn, Anakin đã giết toàn bộ bộ lạc Tusken.
Obi-Wan tiếp tục điều tra và phát hiện ra thủ phạm đứng sau phong trào ly khai. Anh truyền tin này cho Anakin, người đang ở xa Hội đồng Jedi. Số phận của tình yêu giữa Anakin và Padmé, cũng như tương lai của Cộng hòa Thiên hà, đang ở ngã ba đường.