Con Tàu Bí Ẩn xoay quanh một dự án nghiên cứu bí mật của Chính phủ Hoa Kì, nhằm hồi sinh Thí nghiệm Philadelphia Experiment từng diễn ra trong Thế Chiến II. Mục tiêu của dự án là tạo ra công nghệ tàng hình cho tàu chiến.
Trong một diễn biến bất ngờ, thí nghiệm này thành công và khiến tàu khu trục Eldride, vốn đã biến mất trong cuộc thí nghiệm đầu tiên năm 1943, tái xuất hiện. Sự kiện này đánh dấu một bước ngoặt nguy hiểm cho thế giới hiện đại.
Giờ đây, người sống sót duy nhất từ thí nghiệm năm 1943 và cháu gái của ông phải hợp lực để ngăn chặn đại họa này. Họ phải đối mặt với những bí ẩn và nguy hiểm mà công nghệ tàng hình này có thể gây ra.
Câu chuyện của Con Tàu Bí Ẩn là cuộc phiêu lưu đầy suspense và hành động, khi hai người phải tìm cách kiểm soát và ngăn chặn hậu quả của thí nghiệm này.