Đông Nhi Phiến Loạn xoay quanh cuộc chiến chống khủng bố đã leo thang đến cực hạn. Ngày Sarajevo bị huỷ diệt bởi một thiết bị hạt nhân tự chế đã đánh dấu bước ngoặt của toàn cầu.
Các quốc gia dân chủ chuyển sang chế độ giám sát toàn diện, trong khi các nước đang phát triển chìm đắm trong biển máu. Một nhân vật bí ẩn người Mỹ tên John Paul dường như là kẻ đứng sau màn, điều khiển mọi sự sụp đổ của thế giới.
Một nhân viên tình báo tên Clavis Shepherd đang truy tìm dấu vết của John Paul trong đống đổ nát của nền văn minh. Mục tiêu của anh là tìm ra bản chất thực sự của bóng tối – một cơ quan diệt chủng.
Câu chuyện sẽ dần hé lộ chân tướng về John Paul và động cơ của hắn, đồng thời dẫn người xem vào một thế giới hỗn loạn và nguy hiểm.