Đứa Trẻ Thứ 44 xoay quanh hàng loạt vụ giết người bí ẩn nhắm vào những cậu bé ngây thơ, vô tội. Câu chuyện bắt đầu khi Leo Demidov, một điều tra viên cấp cao của Bộ An ninh Quốc gia Xô Viết, tiến hành điều tra những vụ giết trẻ em này.
Mặc dù chính phủ phủ nhận sự tồn tại của một kẻ giết người hàng loạt, Leo vẫn tiếp tục theo đuổi manh mối. Anh ta tin rằng có một kẻ giết người đang nhắm vào trẻ em và quyết tâm tìm ra kẻ đó.
Tuy nhiên, nỗ lực của Leo không được đón nhận. Anh ta bị giáng chức và bị lưu đày, nhưng vẫn tiếp tục cuộc điều tra của mình. Leo đặt hết tâm trí vào việc tìm kiếm sự thật và đem lại công lý cho những nạn nhân vô tội.
Với quyết tâm và lòng dũng cảm, Leo đối mặt với nhiều thử thách và nguy hiểm để tìm ra kẻ giết người và chấm dứt chuỗi giết chóc.