Trong một thế giới nơi nhân loại đối mặt với mối đe dọa từ những sinh vật siêu nhiên gọi là Thiên thần, lực lượng phòng thủ của con người đang bị đẩy đến giới hạn. NERV, tổ chức đứng đầu trong cuộc chiến này, tiếp tục phát triển và cải tiến công nghệ để đối phó với những kẻ thù ngày càng mạnh mẽ.
Shinji Ikari và Rei Ayanami, những phi công kỳ cựu, tiếp tục sứ mệnh bảo vệ nhân loại. Họ được tăng cường sức mạnh với sự tham gia của hai phi công mới: Asuka Langley Shikinami, cô gái nóng tính và quyết đoán, và Mari Illustrious Makinami, người phụ nữ bí ẩn và đầy загадка.
Cùng nhau, họ bước vào cuộc chiến cam go và nguy hiểm, khi Thiên thần tiếp tục tiến công và đe dọa sự tồn tại của loài người. Với sự hỗ trợ của nhau và công nghệ tiên tiến, họ hy vọng có thể xoay chuyển tình thế và bảo vệ tương lai của nhân loại.