Mùa hè cuối cùng của thế kỷ 20, con người phát hiện ra họ không phải là kẻ cai trị duy nhất trên Trái Đất. Những con quái vật khổng lồ “Kaiju” xuất hiện, cùng với sự tồn tại của Godzilla, sinh vật huyền thoại có khả năng tiêu diệt chúng.
Cuộc chiến chống lại Kaiju đã kéo dài nửa thế kỷ, với vô số thất bại, khiến con người quyết định rời bỏ Trái Đất. Đến năm 2048, những người được chọn bởi trí tuệ nhân tạo (A.I) và thuộc sự quản lý của chính quyền trung ương lên tàu vũ trụ “Aratrum” để di cư đến hành tinh “Tau Cetus e”, cách Trái Đất hơn 11,9 năm ánh sáng.
Khi quay trở lại, con người phát hiện ra Trái Đất đã trải qua 20.000 năm, trở thành một thế giới hoàn toàn xa lạ với hệ sinh thái được cai trị bởi Godzilla. Liệu con người có thể giành lại được Trái Đất? Haruo, nhân vật chính, sẽ đối mặt và vượt qua thử thách của số phận như thế nào?