Huyền Nữ Thiên Mệnh xoay quanh câu chuyện về nhà Thương, một triều đại được cho là có nguồn gốc từ một quả trứng chim. Truyền thuyết nói rằng, Thiên Mệnh Huyền Nữ sẽ bảo hộ cho họ. Tuy nhiên, Thương Chủ Tiểu Ất đã can thiệp vào số phận, đánh tráo kết quả của Huyền Điểu Giáng Thế để phục vụ lợi ích cá nhân.
Hai mươi năm sau, nhà Lạc xâm chiếm và gây ra nhiều biến động. Trong bối cảnh đó, Phụ Hảo – người được định sẵn là Thiên Mệnh Huyền Nữ – đã nổi lên như một nhân vật quan trọng. Từ khi còn nhỏ, cô đã tham gia vào cuộc chiến và cứu giúp quân đội nhà Thương thoát khỏi nguy hiểm.
Phụ Hảo, cùng với Vũ Đinh – vương tử nhà Thương, hợp lực chống lại giặc ngoại xâm và dập tắt nội chiến. Qua nhiều thử thách và gian khổ, họ dần trưởng thành và không chỉ thành công trong việc trục xuất người Lạc mà còn giành được tình cảm của bách tính muôn tộc. Câu chuyện của họ là hành trình của tình yêu, sự hy sinh và số phận.