Khu Rừng Bí Ẩn xoay quanh cuộc sống của 3 đứa trẻ nhà Grace cùng mẹ khi họ chuyển đến căn nhà cũ của cụ cố Spiderwick. Sự thay đổi này không hề dễ dàng với lũ trẻ, và mỗi người đều tìm cách thích nghi theo riêng cách của mình.
Jared, một trong 3 đứa trẻ, bắt đầu để ý đến những điều kỳ lạ xảy ra xung quanh ngôi nhà. Cậu bé tò mò và quyết tìm hiểu nguồn gốc của những hiện tượng này. Trong quá trình khám phá, Jared gặp con gia tinh Thimbletack, một sinh vật nhỏ bé sống trong những bức tường của ngôi nhà.
Dù có lời cảnh báo từ Thimbletack, Jared vẫn tiếp tục khám phá và phát hiện một cuốn sách lạ. Cuốn sách có tựa đề Hướng dẫn Tìm hiểu Thế giới Quanh bạn của Arthur Spiderwick, do cụ cố Arthur viết. Cuốn sách dường như nắm giữ những bí mật và kiến thức về thế giới xung quanh, nhưng cũng có vẻ nguy hiểm.