Kiếm Ký: Thâm Thù Phải Trả xoay quanh cuộc gặp gỡ của ba vị kiếm khách với những lý tưởng và số phận khác nhau trong thời kỳ cuối của triều đại Goryeo, khi mà thanh kiếm trở thành biểu tượng của quyền lực.
Câu chuyện bắt đầu với sự xuất hiện của Yoo Baek, một người ham muốn quyền lực và danh vọng. Bên cạnh đó là Wol So, nữ kiếm khách mù với vẻ đẹp của một nữ vương, luôn sẵn sàng ra tay bảo vệ chính nghĩa. Cuối cùng là Hong Yi, một cô gái trẻ với mối thù sâu sắc cần trả.
Mười tám năm trước, nhà vua đã có một giấc mơ về sự phản bội của những thanh kiếm, và số phận đã đưa ba vị kiếm khách này gặp nhau. Họ sẽ phải đối mặt với những thử thách và xung đột, khi mà lý tưởng và mục đích của mỗi người không hoàn toàn trùng khớp.
Trong bối cảnh lịch sử đầy biến động, Kiếm Ký: Thâm Thù Phải Trả khám phá những góc khuất của lòng con người, khi mà tham vọng, chính nghĩa và thù hận trở thành những động lực chính để dẫn dắt cuộc hành trình của ba vị kiếm khách.