Kira-Kun Của Ngày Hôm Nay xoay quanh câu chuyện của Ninon Okamura và Yuiji Kira, hai bạn cùng lớp và cũng là hàng xóm của nhau. Tuy nhiên, họ không có nhiều互動 trên lớp và Okamura cũng không có bạn bè nào khác ở trường. Cô bé thường đi dạo với một con vẹt nhồi bông trên vai, nhưng thực tế đó là một con vẹt thật.
Kira có vẻ ngoài là một tay nghịch ngợm và có nhiều người bạn gái, nhưng thực ra cậu đang mắc một bệnh hiểm nghèo và chỉ còn sống một năm nữa. Okamura tình cờ biết được bí mật này qua cha mẹ mình.
Một ngày nọ, Kira thổ lộ với Okamura rằng cậu không muốn chết và cũng không muốn cô đơn. Okamura quyết định sẽ ở bên cạnh Kira đến phút cuối cùng, hứa hẹn mang đến cho cậu những giây phút còn lại ý nghĩa.