Mật Mã Mercury xoay quanh một cậu bé 9 tuổi mắc bệnh tự kỷ có khả năng bẻ khóa một loại mật mã mà chính phủ Mỹ cho là không thể phá vỡ. Khả năng đặc biệt của cậu bé khiến chính phủ muốn bảo vệ bí mật này bằng mọi giá, và một kế hoạch mưu sát được thực hiện.
Đặc vụ FBI Art Jeffries được giao nhiệm vụ bảo vệ cậu bé. Tuy nhiên, chính phủ, đặc biệt là đại tá Nicholas Kudrow, sẵn sàng làm bất cứ điều gì để giữ bí mật này. Điều này khiến Jeffries và cậu bé rơi vào tình thế nguy hiểm, liên tục phải trốn chạy khỏi những sát thủ.
Cuộc rượt đuổi hồi hộp bắt đầu khi Jeffries cố gắng bảo vệ cậu bé khỏi những kẻ muốn hại cậu. Trong khi đó, chính phủ tiếp tục tìm cách để lấy lại mật mã và giữ bí mật này. Tình huống này đẩy Jeffries và cậu bé vào một cuộc chiến sinh tồn, nơi họ phải sử dụng mọi kỹ năng để chống lại những kẻ theo đuổi.
Trong suốt quá trình này, mối quan hệ giữa Jeffries và cậu bé ngày càng trở nên chặt chẽ. Cùng nhau, họ phải đối mặt với những thử thách và nguy hiểm, và cuối cùng, họ phải tìm cách để giữ bí mật này an toàn.