Mật Thám xoay quanh câu chuyện về Eric O’Neill, một nhân viên tập sự được giao nhiệm vụ đặc biệt vào một sáng chủ nhật lạnh giá. Anh được cử đến văn phòng mới có tên gọi bộ phận bảo mật để trở thành thư ký cho Robert Hanssen, một điệp viên cao cấp của FBI. Với xuất thân từ ngành tình báo và sự nể phục Hanssen như cha ruột, Eric coi nhiệm vụ lần này là cơ hội để học hỏi từ chuyên gia hàng đầu của Mỹ về công tác phản gián Xô Viết.
Tuy nhiên, đằng sau nhiệm vụ này là một kế hoạch khác của FBI. Qua điều tra, họ phát giác ra rất nhiều tài liệu quan trọng bị lọt vào tay Liên Xô, gây thiệt hại lớn cho Hoa kỳ. Đồng thời, việc Hanssen liên tục thoát chết trong gang tấc trong khi các nhân viên của ông bị bắt, giết chết thảm thương làm FBI nảy sinh nghi vấn. Eric được giao nhiệm vụ thực sự là trông chừng sếp và tìm bằng chứng về tội phản quốc của nhân vật đã có 30 năm làm việc cho Cục Điều tra Liên bang.
Eric bước vào nhiệm vụ với tham vọng trở thành điệp viên, nhưng anh sớm nhận ra rằng nhiệm vụ của mình không đơn giản như anh tưởng. Anh phải đối mặt với những tình huống nguy hiểm và khó khăn khi cố gắng tìm kiếm bằng chứng về tội phản quốc của Hanssen. Phim sẽ dẫn dắt khán giả vào một thế giới tình báo phức tạp và đầy rẫy những bí ẩn.