Mười năm đã trôi qua kể từ khi Tiến sĩ Hell và Đế chế ngầm bại trận trước siêu robot huyền thoại Mazinger Z do Koji Kabuto điều khiển. Sau chiến thắng đó, Trái đất đã có được hòa bình. Koji, người hùng tuổi trẻ, đã từ bỏ việc lái robot và theo đuổi sự nghiệp khoa học để tiếp bước cha và ông nội.
Tuy nhiên, một sự kiện bất ngờ xảy ra khi Koji chạm trán với một điều gì đó dưới núi Phú Sĩ. Sự việc này đã hé mở một mối đe dọa mới, thậm chí còn lớn hơn cả Đế chế ngầm trước kia. Số phận nhân loại lại một lần nữa bị đe dọa.
Koji và Mazinger Z một lần nữa phải đối mặt với lựa chọn giữa thiện và ác. Liệu Koji có thể bảo vệ Trái đất một lần nữa? Mazinger Z liệu có thể giúp Koji đánh bại mối đe dọa mới này?
Một cuộc phiêu lưu mới lại bắt đầu khi Koji và Mazinger Z cùng nhau chiến đấu để bảo vệ nhân loại.