Na Tra: Ma Đồng Quy Lai xoay quanh cuộc chiến giữa Na Tra và Long Vương. Mở đầu phim, Long Vương dẫn theo Tứ Hải Long Vương dùng nước dìm Trần Đường Quan để ép Lý Tịnh giao nộp Na Tra. Trong cơn tuyệt vọng, Na Tra tự vẫn, khiến thân xác tiêu tan.
Sau đó, Thái Ất muốn xây dựng đền thờ để giúp Na Tra tái sinh. Tuy nhiên, khi Na Tra tái sinh, hiểu lầm giữa cha con Lý Tịnh và Na Tra ngày càng sâu sắc. Long Vương tấn công bất ngờ, đè mọi người dưới tháp Linh Lung.
Cha con Lý Tịnh buộc phải tạm gác mâu thuẫn, cùng nhau chiến đấu với Long tộc, quái vật trong tháp và những ảo cảnh nguy hiểm. Trên hành trình thoát khỏi tháp, họ liên tục đối mặt với kẻ thù ẩn náu, cuối cùng bỏ qua hiềm khích và đánh bại Long Vương.