Ngôi Nhà Trên Cây Kỳ Diệu là câu chuyện về hai anh em Jack và Annie, 8 và 7 tuổi, sống ở Frog Creek, Pennsylvania. Một ngày nọ, họ khám phá ra một ngôi nhà trên cây thần kỳ trong khu rừng gần nhà. Ngôi nhà này chứa những cuốn sách đặc biệt, giúp họ có thể du lịch đến nhiều địa điểm khác nhau trong thời gian.
Khi chỉ vào một địa điểm trong sách và ước mơ được đến đó, hai anh em bắt đầu những cuộc phiêu lưu hấp dẫn. Họ khám phá lịch sử, văn hóa, âm nhạc, nghệ thuật, khoa học và các hiện tượng tự nhiên. Trên đường đi, họ gặp Morgan le Fay, chủ nhân của ngôi nhà trên cây. Bà đã biến họ thành những thủ thư thành thạo và cử họ đi hoàn thành những nhiệm vụ thú vị.
Cùng nhau, Jack và Annie khám phá thế giới với nhiều trải nghiệm mới mẻ. Những chuyến đi của họ không chỉ giúp họ học hỏi thêm nhiều kiến thức mà còn tạo ra những ký ức đáng nhớ. Ngôi nhà trên cây thần kỳ trở thành cánh cổng dẫn họ đến những điều kỳ diệu và phi thường.