Nữ Tu Bóng Tối xoay quanh câu chuyện về hai nữ tu bị đẩy đến bước đường cùng. Họ quyết định thực hiện một lễ trừ tà mạo hiểm, dù biết rằng đây là điều không nên làm. Mục tiêu của họ là cứu một đứa trẻ bị quỷ ám.
Đứa trẻ này nằm trong sự thao túng của thế lực bóng tối, và Giáo hội Công giáo không đồng tình với quyết định của hai nữ tu. Tuy nhiên, họ vẫn quyết tâm thực hiện những nghi lễ cấm kỵ để cứu cậu bé.
Hành động của họ đặt linh hồn bất tử của họ vào hiểm họa khôn lường. Khi thực hiện các nghi lễ, họ phải đối mặt với cái giá kinh hoàng của những hành động phạm thượng.
Dù vậy, hai nữ tu vẫn kiên trì với mục tiêu duy nhất: cứu được cậu bé bằng mọi giá. Họ chấp nhận mạo hiểm để đạt được điều này.