Phi Thiên Vũ xoay quanh câu chuyện tình yêu giữa hai ninja vào thời kỳ đầu Tokugawa. Tổ tiên của Oboro và Gennosuke đã ký một hiệp ước để giữ hòa bình giữa hai bên.
Khi Oboro và Gennosuke gặp nhau, họ không biết gì về thân phận của đối phương mà đã phải lòng nhau. Mối tình trong trẻo và đẹp đẽ của họ có cơ hội để nở hoa.
Tuy nhiên, Nankobo Tenkai với dã tâm thống trị nước Nhật đã gây nên cuộc chiến giữa hai gia đình của Oboro và Gennosuke. Họ buộc phải đối mặt với một lựa chọn khó khăn: tình yêu dành cho nhau hay mối thù gia tộc.
Giữa bối cảnh chiến loạn, tình yêu của Oboro và Gennosuke liệu có thể tồn tại? Họ sẽ làm thế nào để bảo vệ tình yêu và hòa bình giữa hai gia đình?