Phù Thủy Của Laplace là một câu chuyện xoay quanh vụ án bí ẩn tại một suối nước nóng. Hai người trở thành nạn nhân của một vụ đầu độc bằng khí Hydro sulfua. Cảnh sát sau đó yêu cầu sự hỗ trợ của Shusuke Aoe, một chuyên gia địa lý, để xác định xem cái chết của họ là do tai nạn hay có sự cố ý.
Trong quá trình điều tra, Shusuke Aoe gặp Madoka Uhara, một người có khả năng dự đoán các hiện tượng tự nhiên. Madoka Uhara dự đoán chính xác một sự kiện sắp xảy ra, điều này làm cảnh sát bắt đầu nghi ngờ cô có liên quan đến vụ án. Khi cảnh sát điều tra sâu hơn, một vụ án thứ ba xảy ra, càng làm cho tình hình trở nên phức tạp.
Câu chuyện dần dần được hé mở thông qua sự kết hợp giữa khoa học địa lý và khả năng dự đoán của Madoka Uhara. Liệu cô có thật sự liên quan đến các vụ án hay không, hay chỉ là sự trùng hợp? Phù Thủy Của Laplace dẫn dắt người xem vào một thế giới bí ẩn, nơi khoa học và dự đoán số phận đan xen.