Siêu Diệp Viên 3: Tối Hậu Thư Của Bourne đưa người xem vào một cuộc phiêu lưu đầy căng thẳng khi Bourne bị kéo ra khỏi sự ẩn náu. Lần này, vô tình bởi phóng viên Simon Ross, người đang điều tra về dự án Blackbriar – một nâng cấp của chương trình Treadstone.
Bourne và Simon Ross thiết lập một cuộc gặp gỡ, nhưng ngay lập tức họ phát hiện mình đang bị theo dõi. Thông tin từ phóng viên này khơi dậy những ký ức mới trong Bourne, giúp anh dần khám phá ra quá khứ đen tối của mình.
Trong khi cố gắng né tránh những kẻ đang truy sát mình, Bourne phải đối mặt với những nỗ lực của công ty nhằm loại bỏ anh. Cuộc truy đuổi gay cấn và những bí mật dần được hé lộ, Bourne càng ngày càng gần với sự thật về bản thân mình.
Cuộc hành trình của Bourne trở nên nguy hiểm hơn bao giờ hết khi anh phải liên tục chạy trốn và chiến đấu để sinh tồn. Đồng thời, anh cũng bắt đầu nhớ lại những mảnh ghép quan trọng trong quá khứ, giúp anh hiểu rõ hơn về bản thân và những gì đã xảy ra.