Siêu Nhân Và Người Dơi: Kẻ Thù Quốc Gia xoay quanh câu chuyện khi Lex Luthor, một nhân vật quyền lực và tham vọng, được bầu làm Tổng thống Mỹ. Ngay sau khi nhậm chức, ông đã đưa ra một tuyên bố gây sốc: Superman, người hùng đang được cả nước kính trọng, nay bị coi là kẻ thù quốc gia.
Lex Luthor cho rằng Superman đang đe dọa an ninh quốc gia và phải bị khống chế. Ông ra lệnh cho Superman phải phá vỡ một sao băng Kryptonite đang trên đường đâm vào Trái Đất. Đây là một nhiệm vụ bất khả thi đối với Superman, người luôn cố gắng bảo vệ nhân loại mà không làm tổn hại đến người khác.
Superman đối mặt với một tình huống khó khăn: có nên tuân theo lệnh của Tổng thống hay tìm cách khác để cứu Trái Đất. Trong khi đó, Người Dơi cũng xuất hiện và cùng Superman tìm cách giải quyết vấn đề này. Liệu Superman có thể tìm ra cách để ngăn chặn sao băng Kryptonite và chứng minh mình không phải là kẻ thù của nhân loại?