Thám Tử Lừng Danh Conan 15: 15 Phút Tĩnh Lặng xoay quanh một tên tội phạm được coi là mối đe dọa của chính phủ Nhật Bản. Câu chuyện bắt đầu khi đường hầm xe điện ngầm bị nổ tung, và Conan với óc siêu phàm của mình phải ngăn chặn mọi tai họa có thể ập đến.
Conan phát hiện ra rằng có sự liên hệ giữa một ngôi làng đã bị dời đi vì một dự án làm con đập và vụ nổ đường hầm. Cậu nhận ra rằng tên tội phạm đang đe dọa tính mạng của nhiều người và phải chạy đua với thời gian để ngăn chặn hắn.
Trước khi một vụ án mạng khác xảy ra, Conan phải sử dụng trí thông minh của mình để vạch trần kế hoạch của tên tội phạm. Liệu Conan có thể ngăn chặn hắn và bảo vệ người dân hay không?