Thời Gian Biến Mất: Cậu Bé Trở Lại xoay quanh câu chuyện về Seong Min, một cậu bé mất tích một cách bí ẩn trong một chuyến leo núi. Sự việc diễn ra mà không ai hiểu rõ nguyên nhân hay diễn biến.
Vài ngày sau, Seong Min được tìm thấy nhưng với hình dáng của một người lớn. Sự trở lại của cậu bé này gây ra nhiều thắc mắc và nghi ngờ trong cộng đồng.
Trong bối cảnh đó, Soo Rin – một người bạn cùng lớp của Seong Min – là người duy nhất cảm thấy có điều gì đó không ổn. Cô nhận thấy sự thay đổi trong Seong Min không chỉ về hình dáng bên ngoài mà còn sâu xa bên trong.
Câu chuyện của Seong Min và Soo Rin mở ra những bí ẩn và câu hỏi về thời gian, sự thay đổi và những hệ lụy không thể đoán trước.