Năm 2045, thế giới chứng kiến sự phát triển vượt bậc của công nghệ điều khiển học. Lính đánh thuê huyền thoại Motoko Kusanagi, người sở hữu cơ thể được nâng cấp bằng công nghệ tiên tiến, quyết định trở lại Đội 9.
Một mối đe dọa mới đang xuất hiện, đó là sự xuất hiện của những kẻ được gọi là “hậu nhân”. Họ là những cá nhân có khả năng đặc biệt, gây ra nhiều vấn đề cho xã hội.
Sự trở lại của Motoko Kusanagi lần này là để đối mặt với thách thức mới này. Với kinh nghiệm và kỹ năng của mình, cô sẽ phải tìm cách giải quyết vấn đề này và bảo vệ xã hội.
Câu chuyện về cuộc chiến chống lại hậu nhân và những vấn đề liên quan đến công nghệ điều khiển học sẽ được hé lộ trong phim.