Yu-Gi-Oh! – Kim Tự Tháp Ánh Sáng xoay quanh câu chuyện về Anubis, một phù thủy độc ác đã ngủ thiếp đi trong 5000 năm. Khi thức dậy, hắn ta mang theo tham vọng hủy diệt thế giới và Vật phẩm Thiên niên kỷ thứ 8, Kim tự tháp Ánh sáng. Đây là một phiên bản màu xanh của Câu đố Thiên niên kỷ, một bảo vật cổ đại chứa sức mạnh phi thường.
Yugi, một học sinh trung học nhỏ bé và thường trở thành mục tiêu của những kẻ bắt nạt, may mắn nhận được Câu đố Thiên niên kỷ từ ông của mình. Khi ghép các mảnh ghép lại, Yugi bất ngờ biến thành “Vua trò chơi”, một nhân cách quyền năng giúp bảo vệ cậu và bạn bè.
Khi Anubis sử dụng Kim tự tháp Ánh sáng để thực hiện kế hoạch hủy diệt, Yugi và nhóm bạn của mình buộc phải bước vào Câu đố Thiên niên kỷ. Trên hành trình, họ phải chiến đấu với nhiều xác ướp hung dữ. Với sự hỗ trợ của “Vua trò chơi”, Yugi hy vọng sẽ đánh bại Anubis và cứu thế giới khỏi nguy hiểm.