Cậu Bé Mất Tích Phần 3 tiếp tục câu chuyện về thị trấn Hawkins yên bình trong những năm 1980. Một lần nữa, cậu bé Will biến mất một cách bí ẩn, để lại mẹ cậu là Joyce trong tình trạng tuyệt vọng. Cô dành cả ngày lẫn đêm để tìm kiếm con trai mình.
Khi nỗ lực tìm kiếm của Joyce tiếp diễn, bức màn bí ẩn dần được vén lên. Cô phát hiện ra rằng sự biến mất của Will có thể liên quan đến chính phủ và những thế lực siêu nhiên. Những dấu hiệu kỳ lạ và không thể giải thích bắt đầu xuất hiện, cho thấy một thế lực tối tăm đang lôi kéo Will vào một thế giới khác.
Cùng lúc đó, một cô bé với những khả năng kỳ dị xuất hiện, làm dấy lên hy vọng và lo ngại. Liệu cô bé này có thể giúp tìm kiếm Will hay sẽ làm tình hình trở nên phức tạp hơn? Những bí ẩn và căng thẳng đang chờ đợi trong Cậu Bé Mất Tích Phần 3.