Hoa Sơn Thánh Mẫu là câu chuyện xoay quanh cuộc chiến giữa thiện và ác trong thế giới thần tiên. Đại Ma Thần sau khi luyện thành ma công, đã tấn công thiên đình vào ngày chúc thọ của Ngọc Hoàng. May mắn thay, Hoa Sơn Thánh Mẫu đã kịp thời sử dụng Bảo Liên Đăng để đánh bại Đại Ma Thần, buộc hắn phải rút về hang động để chữa thương.
Tuy nhiên, trong thiên đình có một nội gián là Huyết Ma, đang bí mật hỗ trợ Đại Ma Thần. Sau khi đánh bại Đại Ma Thần, Bảo Liên Đăng mất đi phép thuật và cần tìm lại 3 món bảo vật để khôi phục. Hoa Sơn Thánh Mẫu cùng Dao Trì Tiên Tử lên đường tìm kiếm bảo vật, nhưng không may Dao Trì Tiên Tử chính là Huyết Ma, luôn tìm cách cản trở.
Huyết Ma đã sử dụng càn khôn đại pháp để quay trở về quá khứ, 500 năm trước, với mục đích giết chết tiền thân của Hoa Sơn Thánh Mẫu, nữ thường dân tên Kinh Hoa. Tuy nhiên, Kinh Hoa đã gặp được Thái Cực Tiên ông và trở thành đệ tử của ông. Cô cũng đã yêu và kết hôn với một người phàm tên Lưu Minh Xương, và họ có một người con trai. Mặc dù Huyết Ma đã nhiều lần mưu hại, Kinh Hoa vẫn sống sót và cuối cùng bị nhốt trong Hoa Sơn bởi Đại Ma Thần.
Kinh Hoa sau đó đã luyện thành Bảo Liên Đăng và trở thành Hoa Sơn Thánh Mẫu. Cô quay trở về thiên đình, nhập vào thân xác của mình 500 năm sau và tiêu diệt được Đại Ma Thần. Cuối cùng, cô gặp lại chồng và con, nhưng đã trở thành một vị thần, bay trở về trời.