Con Tàu Huyền Thoại Cá Voi Đầm Lầy là câu chuyện về một con tàu bị cô lập giữa biển cát bao la. Trên tàu có Charuko, một cậu bé làm thư viện, cùng những người bạn đồng hành. Cuộc sống của họ gắn bó chặt chẽ, chưa từng biết đến bất kỳ vùng đất nào ngoài nơi đầy cát này.
Thế giới bên ngoài luôn là điều khiến họ tò mò và cảm xúc dâng trào mỗi khi nghĩ đến. Một ngày nọ, những người trên tàu phát hiện ra một hòn đảo và quyết định đi do thám. Đây là cơ hội để họ khám phá những điều chưa biết.
Trong chuyến đi này, Charuko gặp một cô gái kỳ lạ trên đảo. Cuộc gặp gỡ này có thể thay đổi mọi thứ đối với cậu và những người bạn của mình. Liệu họ có tìm thấy những điều thú vị và mới mẻ trên hòn đảo này không?