Gen Y The Series Phần 2 tiếp tục câu chuyện tình cảm đầy sóng gió của các nhân vật. Pha và Wayu đã giải quyết những hiểu lầm trong quá khứ, nhưng mối tình của họ đã kết thúc đột ngột. Wayu sau đó nhanh chóng tiến tới với Thanu, nhưng mối quan hệ này không hề đơn giản khi Thanu vẫn còn vướng mắc với Pha.
Trong khi đó, Kit và Mark phải đối mặt với thử thách khi họ phải xa nhau một thời gian để suy nghĩ về đối phương. Kit nỗ lực để cải thiện bản thân, trong khi Mark phải vượt qua khoảng cách và thời gian để níu giữ mối quan hệ.
Pok cũng trải qua một hành trình đầy thử thách khi cố gắng trở nên tốt hơn cho Tong. Tuy nhiên, anh cảm thấy mình luôn làm Tong thất vọng. Tong, ngược lại, cố gắng dành tất cả những gì tốt nhất cho Pok, nhưng anh đã hiểu lầm rằng Pok không muốn điều đó.
Khi Wayu bắt đầu mở lòng với một mối quan hệ mới, các nhân vật còn lại phải đối mặt với những vấn đề của riêng mình. Mâu thuẫn giữa Mark và Kit, cũng như giữa Pok và Tong, hứa hẹn sẽ khiến cho câu chuyện tình ở Gen Y The Series Phần 2 trở nên phức tạp và đầy kịch tính.