Na Tra Hàng Yêu Ký xoay quanh câu chuyện về Na Tra, một nhân vật có tâm hồn cao thượng, nhìn thấy thiên hạ đại hạn, không nỡ để chúng sinh gặp nạn. Anh quyết định lên tiếng đòi hỏi công lý từ Thủy tộc. Trong một buổi tiệc thọ ở Đông Hải, Na Tra đã giao chiến ác liệt với Ngao Bính, con trai của Đông Hải Long Vương. Tuy nhiên, do sự cản trở của tộc yêu quái, họ đã giết chết Ngao Bính và vu tội cho Na Tra.
Na Tra vì không muốn liên lụy đến cha mẹ, đã tự sát để tạ lỗi. Nhưng Na Tra vốn là Linh Châu Tử, và tất cả đều là kiếp nạn trong số mệnh của anh. Với sự giúp đỡ của Thái Ất Chân Nhân, Na Tra được tái sinh với thân tiên mới. Anh phải vào trần gian tìm lại năm món pháp bảo và giúp Tiểu Long Nữ đánh bại Xà Cơ, phục hưng Thủy tộc, để trả hết mọi tội lỗi và trở lại trần gian.
Trong hành trình tìm kiếm pháp bảo và chống lại sự truy đuổi của Xà Cơ, Tiểu Long Nữ và Na Tra từ vị trí thù địch dần dần xây dựng được tình cảm sâu đậm. Họ phát hiện ra rằng đại hạn và cái chết của Ngao Bính đều là mưu đồ của Xà Cơ để giành lấy quyền lực. Cuối cùng, họ thu thập đủ năm món pháp bảo, đánh bại Xà Cơ và Đại Đế yêu quái, phục hưng Thủy tộc và thực thi công lý.