Trạch Thiên Ký 3D xoay quanh câu chuyện đầy bi tráng của Trần Trường Sinh và Từ Hữu Dung, hai người vốn được định mệnh đưa đến với nhau như một đôi phu thê. Tuy nhiên, số phận lại không cho phép điều đó xảy ra. Trần Trường Sinh mắc một căn bệnh quái ác, không thể sống quá tuổi hai mươi.
Vì căn bệnh này, Trần Trường Sinh bất đắc dĩ phải ra đi và đến Thần Đô để tìm kiếm cơ hội hóa giải. Trên con đường này, cậu phải đối mặt với nhiều thử thách từ các thế lực tại Thần Đô và Đại Triều Thí. Những khó khăn ấy đã khiến cậu nghi ngờ về khả năng thay đổi định mệnh của mình.
Trong một lần chiến đấu với ma tộc tại Chu Viên, Trần Trường Sinh bất ngờ gặp lại Từ Hữu Dung. Tuy nhiên, hạnh phúc ngắn ngủi không thể kéo dài, khi Chu Viên tan nát và định mệnh lại chia cắt đôi người. Giờ đây, việc chữa được bệnh liệu còn có ý nghĩa gì khi hai người đã bị số phận đẩy ra xa nhau.