Giáo sư Hershel Layton, nhà khảo cổ học nổi tiếng và cũng là một quý ông phi thường với khả năng giải câu đố xuất sắc, cùng người học việc trẻ tuổi Luke Triton nhận được một lá thư bí ẩn từ học trò cũ Janice Quatlane. Lá thư này chứa một tấm vé mời xem một vở opera tại Crown Petone, một địa điểm nổi tiếng.
Sau khi đến Crown Petone, họ phát hiện ra rằng vở opera bị gián đoạn bởi một số sự kiện kỳ lạ. Những người tham dự bắt đầu biến mất một cách bí ẩn, và không ai biết được lý do tại sao. Giáo sư Layton và Luke quyết tâm tìm hiểu nguyên nhân và giải quyết vấn đề này.
Trong quá trình điều tra, họ gặp phải nhiều thử thách và câu đố khó khăn. Tuy nhiên, với kinh nghiệm và kỹ năng của mình, giáo sư Layton và Luke dần dần làm sáng tỏ bí ẩn đằng sau các sự kiện kỳ lạ tại Crown Petone. Liệu họ có thể giải quyết vấn đề này và tìm thấy những người mất tích không?