Thám Tử Lừng Danh Conan: Nhà Ảo Thuật Với Đôi Cánh Bạc xoay quanh một vụ án bí ẩn xảy ra trên chuyến tàu SKJ865. Nữ diễn viên Opera nổi tiếng Juri Maki nhận được một bức thư bí mật từ một người gửi lạ, trong đó có đề cập đến một cuộc gặp gỡ trên ban công với hoa hồng.
Juri và trợ lý của cô sau đó tìm đến Kogoro, đề nghị anh bảo vệ viên ngọc quý Destiny Gem trong chương trình cuối cùng của Josephine. Tuy nhiên, tình hình trở nên phức tạp khi Kogoro phát hiện ra Kudo Shinichi, một người mà anh ta không biết, đã xuất hiện và sau đó biến mất.
Trên chuyến tàu, Juri đột nhiên qua đời sau khi ăn một viên sôcôla. Cái chết đột ngột của cô khiến mọi người choáng váng và Conan bắt đầu điều tra để tìm ra kẻ giết người và lý do đằng sau tội ác này.
Câu chuyện sẽ dần dần được hé lộ khi Conan điều tra và đối mặt với những tình tiết bất ngờ, dẫn đến sự thật về vụ án và kẻ giết người thực sự.