Thám Tử Lừng Danh Conan: Tận Cùng Của Sự Sợ Hãi xoay quanh một vụ giết người bí ẩn từ 6 năm trước. Một thanh niên tài năng bị sát hại, và người fiancée của anh, Reiko Akiba, giờ đây là một giọng nữ cao nổi tiếng.
Reiko Akiba cùng những người liên quan đến vụ giết người đều trở thành nạn nhân của một kẻ giết người bí ẩn. Kẻ này sử dụng khả năng “nhất định Perfect Pitch” (Jor-Dai-Yin-Gan) để giết hại nạn nhân. Fuwa, cha của thanh niên tài năng, là người có khả năng đặc biệt này.
Fuwa đã lắp đặt 24 quả bom trong Hội trường Domoto, nơi đang chuẩn bị khai trương với sự biểu diễn của một cây đàn Stradivarius mới. Reiko Akiba và Conan phải tìm cách ngăn chặn những quả bom này trước khi chúng nổ tung, đe dọa đến tính mạng của tất cả mọi người trong hội trường.
Khi điều tra, Conan phát hiện ra những manh mối giúp anh ngăn chặn kế hoạch của Fuwa. Liệu Conan có thể cứu được mọi người và ngăn chặn những quả bom nổ tung hay không?